Yüksek lisans programı tamamlayan öğrenciler doktora programına başvurabilirler. Doktora programında toplamı 21 krediden aşağı olmayan en az 7 dersi başarı ile tamamlamak gerekmektedir. Bu derslerin ne olacağı konusunda 5xx ve 6xx  kodlu olmaları dışında bir kısıtlama yoktur.

Bu programdaki derslerin tümü dört yarıyıl içinde 3.00 genel not ortalaması ile tamamlanmak zorundadır. Bu programdaki herhangi bir dersten iki defa F notu alınamaz.

Üçüncü dönemin başında dersleri tamamlanmış olsun olmasın tüm öğrenciler kendilerine bir tez danışmanı seçmek zorundadırlar. Seçilen tez danışmanlarını lisansüstü danışmanı Fen Bilimleri Enstitüsüne bildirir.

Doktora öğrencileri en geç altıncı dönemlerinin sonuna kadar doktora yeterlilik sınavında başarılı olmak zorundadırlar. Doktora yeterlilik sınavı yazılı ve sözlü olmak üzere iki parçadan oluşur. Doktora yeterlilik sınavının yazılı bölümü "qualifier" sınavı diye adlandırılır. Qualifier sınavı her sene Eylül ve Şubat aylarında verilir ve tüm doktora öğrencileri beşinci dönemlerinin sonuna kadar bu sınavdan başarılı olmak zorundadırlar. Qualifier sınavında başarılı olan doktora öğrencileri en geç beşinci dönemlerinin sonuna kadar yeterlilik sınavının sözlü kısmını da almak zorundadırlar. Sözlü kısımda başarılı bulunmayan öğrenciler izleyen dönem içerisinde bir kez daha sözlü sınava alınırlar. Bu sınavda da başarısız olan öğrenciler programa devam edemezler. Doktora yeterlilik sınavının sözlü kısmına girebilmek için ÜDS veya KPDS'den 50/100 almak gereklidir.

Doktora öğrencileri sekiz yarıyıl içerisinde doktora programının tüm gereklerini yerine getirerek mezun olmak zorundadırlar. Ancak sadece tez aşamasında zamana ihtiyacı olan öğrenciye tez çalışmasını tamamlaması için en fazla dört yarıyıla kadar ek süre verilebilir. Bunun için tüm öğrenciler normal süreyi aştıkları her yarıyılın başında tez çalışmalarını neden yetiştiremediklerini bildiren bir dilekçe ile Fen Bilimleri Enstitüsüne başvurarak ek süre istemek zorundadırlar.