Yüksek lisans programına başvurmak için 2.00/4.00 veya eşdeğeri lisans not ortalaması, doğrudan doktora programına başvurmak için 2.50/4.00 veya eşdeğeri lisans not ortalaması, doktora programına başvurmak için 3.00/4.00 veya eşdeğeri yüksek lisans not ortalaması gerekmektedir. Ayrıca adaylar bilim sınavında başarılı olmak zorundadırlar (istisnalar).

Tüm programlara başvurmak için temel İngilizce bilgisi gerekmektedir. Boğaziçi Üniversitesi Yabancı Diller Yüksek Okulu (YADYOK) İngilizce bilmeyen öğrenciler için İngilizce Hazırlık dersleri vermektedir. Lisans ve lisansüstü öğrencileri üniversitemize geldiklerinde  YADYOK tarafından verilen İngilizce seviye tesbit sınavını alırlar. Bu sınavda başarılı olan öğrenciler hazırlık okumadan dersleri takip etme hakkı kazanırlar. Bu sınavda başarılı olamayan öğrenciler başlangıç, orta ve ileri düzeyde İngilizce hazırlık dersleri alırlar. Ancak lisansüstü öğrencilerinin başvuru öncesinde en az orta seviyede hazırlık okuyabilecek kadar İngilizce bilgisine sahip olmaları beklenir, bu seviyede İngilizce bilgisine sahip olmayan adaylar bilim sınavında başarılı olsalar dahi üniversitemize kayıt yaptıramazlar. TOEFL sonucu da YADYOK tarafından verilen sınav yerine sayılır, bu konudaki ayrıntıları YADYOK'dan öğrenebilirsiniz.

İngilizce önşartını sağlayan adaylar bilim sınavına alınırlar. Bilim Sınavı tarihi Kayıt İşleri'nden veya Fen Bilimleri Enstitüsü'nden öğrenilebilir. Bilim Sınavı iki bölümdür. Birinci bölümde adaylara ilk iki sene konularından 8 soru sorulur (ayrıntılı bilgi). İkinci bölümde adaylara üçüncü ve dördüncü sene konularından 5 soru sorulur (ayrıntılı bilgi). Yüksek lisans programına başvuran adaylar ilk sınavı, doktora ve doğrudan doktora sınavına başvuran adaylar ikinci sınavı almak zorundadırlar. Programlara giriş için bilim sınavından başarılı olmak gereklidir. Ancak burada ölçülen öğrencinin hangi konunun hangi ayrıntısını bildiği değil öğrencilerin sorulan konularda temel bilgilere sahip olup olmadığıdır. Fen veya mühendislik alanında eğitimini tamamlamış herhangi bir öğrencinin yaz ayları boyunca ilk iki sene derslerini tekrarlayarak giriş sınavında başarılı olması zor değildir. Doktora programına başvuran adayların da en azından üçüncü ve dördüncü sene konularına hakim olmaları beklenir.

Bilim sınavının ardındaki temel mantık öğrencilerin ne öğrenmiş olduklarını test etmek değil onlara bizim neler öğretebileceğimiz ölçmektir. B.Ü. Fizik Bölümü dışından gelen öğrenciler eğer bilgi eksiklikleri varsa bir senelik bilimsel hazırlık süresi tanınabilir. Bu süre içinde öğrenciler üçüncü ve dördüncü sınıf lisans derslerinden bazılarını alarak eksikliklerini giderirler. Prosedür açısından, B.Ü. Fizik Bölümü dışından gelen öğrencilerin tümü kendilerine bilimsel hazırlık süresi tanınmadan direkt olarak yüksek lisans veya doktora derslerine devam edebilecek durumda olduklarını düşünüyorlarsa bir seviye belirleme sınavında başarı göstermek zorundadırlar.

Yüksek lisans adayları için bu seviye belirleme sınavı yukarıda tanımlanan bilim sınavının ikinci bölümüdür. Yüksek lisans adayları bu sınavı fizik derslerine başlamadan hemen önce almak zorundadırlar. Yani, eğer aday YADYOK tarafından verilen sınavda başarılı olmuşsa veya TOEFL sınavı sonucunda İngilizce yeterliliğini ispatlamışsa bilim sınavının yapılacağı gün bilim sınavının hem birinci hem de ikinci bölümünü alırlar. Eğer YADYOK sınavı sonucu İngilizce hazırlık okumaları gerekiyorsa, İngilizce hazırlık senesini başarıyla tamamladıktan sonra bilim sınavı günü bilim sınavının ikinci bölümünü alırlar. Bilim sınavının ikinci bölümünü almak mecburi değildir, almak istemeyen öğrenciler bilimsel hazılık süresini kabul etmiş sayılırlar.

Doktora adayları için bu seviye belirleme sınavı akademik kayıtlardan hemen önce verilen "qualifier" sınavıdır (ayrıntılı bilgi). Bu sınavda başarılı olan adaylar doktora dersleri alarak eğitimlerine devam ederler veya kuvvetli görünmedikleri birkaç alanda yüksek lisans dersleri almaları da beklenebilir. Ancak bu sınavda başarı sağlayamayan adaylara bir sene bilimsel hazırlık süresi tanınır ve bu sürede yüksek lisans temel derslerini başarı ile tamamlamaları beklenir.

Doğrudan doktora programına giren adaylar isterlerse "qualifier" sınavına girebilirler, bu sınavda başarılı olurlarsa yüksek lisans temel derslerinden muaf tutulurlar, ancak doğrudan doktora programında bilimsel hazırlık süresi verilmez.

Herhangi bir programda bilimsel hazırlık süresi sadece B.Ü. Fizik Bölümü dışından gelen öğrencilere verilebilir.